燃料電池性能的評價，除工作壽命、重量、成本等因素外，最重要的就是效率。一般來講，能量轉換裝置的效率是指裝置輸出的能量占輸人能量的百分數比，即輸出能量/輸人能量x 100%
除電化學能量轉換裝置以外.其他能量轉換裝置是將化學反應能轉換為機械能或熱能，然后再轉換成電能。在能量轉換過程中，效率是受一定限制的。但是，燃料電池沒有這樣的制約，其效率要比其他能量轉換裝置的效率高。
然而，燃料電池的效率表達方式也非常復雜，一般有以下幾種常用的效率表達方法。
1、熱力學效率
熱力學效率也稱極限效率，是燃料電池理論上能達到的最高效率。由于燃料電池所用的燃料通?？梢匀紵⑨尫拍芰浚瑹崃W效率可以用發電裝置產生的電能與燃料燃燒反應所釋放的熱能(AH)相比較，理論上燃料電池的熱力學效率在高溫時比低溫時低。然而在較高溫下，反應速率增加.且相同電流密度下過電位也比低溫時要低。另外，高溫燃料電池可以少用或不用貴金屬電極催化劑，產生的余熱更容易利用。因而，綜合比較起來，高溫燃料電池的實際效率更高。
2、電化學效率
電化學效率，也稱電壓效率，對于不同的電池設計，即使是相同的電化學反應，也會有不同的效率。
3、發電效率
燃料電池的發電效率，也稱實際效率，影響實際效率的因素較多，主要有電流密度、極化、溫度、燃料利用率
4、共發電效率
燃料電池的一個顯著優點是在發電的同時，能提供高質量的熱水或水蒸氣，特別是千瓦級以上的燃料電池電站和發電廠。這種發電模式稱為聯合供熱發電(CHP, combined heat and power)，也稱為共發電。共發電功率等于燃料電池電力輸出功率與熱負荷之和。
5、 對于完整的燃料電池系統來說，發電的全過程除了發電和供熱，還包括燃料重整，反應氣體的輸送，電極的加熱、冷卻，電力調節和轉換等，這些過程的效率都影響燃料電池系統的總效率。燃料電池總效率是所有過程效率綜合的結果。
衡量燃料電池的性能以及燃料電池與其他發電裝置進行比較時，要用到一些技術指標或參數，包括電流密度、功率密度、成本和效率。
(1)電流密度。單個燃料電池的關鍵指標是電流密度，即單位電極面積上的電流強度(mA/cm2 )。但需要說明的是，燃料電池的電流強度并不與電極面積成正比，電極面積增大一倍，電流強度并不增加一倍。原因比較復雜。與燃料電池的類型和電池的設計等因素有關。
(2)功率密度。燃料電池電源具有一定的功率、重量和體積。關鍵指標是功率密度和比功率。
(3)壽命。燃料電池的壽命通常是指電源工作的累積時間(h)。當燃料電池不能輸出額定功率時，它的壽命即告終結。例如一個額定功率1kW的嫩料電池電源，出廠時的輸出功率一般比額定功率高20%，即1.2kW。當該電源的輸出功率小于1kW時，它就失效了。千小時電壓降也被用做燃料電池的壽命參數。
(4)成本。燃料電池的成本是制約其應用的最重要指標，用USD/kW表示。
(5)效率。同其他發電裝置一樣，效率是燃料電池電源的重要指標。效率與能源利用率密切相關，在能源緊缺的今天，顯得尤為重要。
