影響堿性燃料電池的主要因素是：氧化劑、壓力、溫度、CO、壽命；電池組的性能與電流密度、電池電壓直接相關，對于18650鋰電池的電池性能的影響因素主要有電極成分(如催化劑)的量及成本、氧化劑的種類(空氣或純氧)、工作壓力和溫度、電解質濃度以及燃料氣體及氧化劑氣體中的雜質等。

1、氧化劑的影響
電池堆工作的最佳狀態是在純氧中，而不是在空氣中。因為使用空氣時，電極須承受輸送大量的情性氣體(氮氣)，況且，即使預處理去除了CO,, AFC對空氣中的其他雜質也是很敏感的。使用空氣還是純氧應視具體情況而定。對于空間站或某些軍事設施(如潛艇)只能選擇純氧，而對于許多商業上的應用，則無論從安全性能還是成本等諸多因素考慮，選擇空氣更適宜。
2、壓力影晌
提高壓力對提高電池性能有利。因而許多燃料電池公司開發高壓燃料電池系統，如國際燃料電池公司(JFC)開發的用于衛星或宇宙飛船的AFC。
3、溫度的影晌

由于KOH溶液具有良好的低溫導電能力(尤其與磷酸比較時)，AFC的正常工作溫度大約在70度，若使其在室溫下工作，功率將降低一半。從室溫到50一60度，功率隨電解質溫度的增加幾乎是線性的。而進一步提高溫度，還與其他參數有關，如電解質濃度、壓力。

含二氧化碳氣體時，為1600 -3400h。在相同的條件下把氣體中的二氧化碳去掉，結果電極的壽命就增加到4000h時;當氣流密度大時壽命還要減少。溫度的降低也會使壽命減少，這是因為二氧化碳的溶解度也隨之降低。1600h僅為66天。所以這種情況只適用于很少的應用場合。而對于需要長時間穩定運行的AFC，反應氣體在進人之前。必須進行預處理以使其Cot濃度降至mg/m3級。